Chùa Ân tọa lại tại xóm Xuân Trung, xã Nghi Đức trước đây là làng Ơn, xã Ân Hậu, huyện Chân Phúc sau đổi thành huyện Nghi Lộc. Đây là một vùng đất có địa tượng tươi sáng, cách trung tâm thành phố về phía đông bắc khoảng 4 km, nhìn xuống phía nam là núi Hồng, sông Lam thơ mộng.
Những người cao niên kể lại rằng ngôi chùa này được xây dựng lần đầu tiên vào thế kỉ XIII thời Trần bởi bà Phạm Thị Ngọc Dung vốn là một nhũ mẫu của vua Trần Duệ Tông. Sau khi rời cung về quê, bà đã dạy cho nhân dân ở đây trồng dâu nuôi tằm, dệt vải thêu thùa, trồng lúa canh tác và vận động nhân dân địa phương chung sức tôn tạo xây dựng chùa Ân để làm nơi tu hành lúc tuổi già. Chính vì vậy sau khi mất, nhân dân tôn bà làm thành hoàng, gọi là “Thánh Mẫu Phạm Thị Hoa Nương” hay tục gọi là “Bà Vương Mẫu”, phần mộ của bà hiện được an táng tại làng Hòa Cam nay thuộc xã Nghi Thái cách chùa Ân 3 km về phía Đông Nam. Kể từ khi xuất hiện, chùa Ân đã trở thành cái nôi văn hóa tâm linh của nhân dân địa phương trong suốt một thời gian dài.
Tới thế kỉ XV, phong trào khởi nghĩa giành lại độc lập chủ quyền cho đất nước của Trần Quý Khoáng, tục gọi là “Trùng Quang Đế” nổi lên đã giải phóng được một vùng đất rộng lớn từ Thanh Hóa, Nghệ An vào tới tận Tân Bình, Thuận Hóa, tuy nhiên không lâu sau thì phong trào bị đàn áp. Sau khi nhà vua bị bắt, hai vị quan hầu cận là Trương Quốc Điển- Quan văn và Trần Văn Định- Quan võ đã lánh nạn vào chùa Ân xuống tóc xuất gia tu hành. Tại đây hai ông đã tạo nhiều công đức với dân làng, đặc biệt là buốc thuốc chữa bệnh cứu người. Sau khi hai nhà sư viên tịch được dân làng an táng ngay tại chùa Ân, hiện hai ngôi mộ vẫn được bảo tồn qua nhiều thế hệ. Để tưởng nhớ công đức của hai vị sư Tổ nhân dân suy tôn hai Ngài làm Thánh Bản Cảnh Thành Hoàng và dựng hai ngôi đền để thờ phụng, trong đó một đền dựng ngay trong khuôn viên chùa Ân gọi là đền Thượng để thờ Đức Thánh Ân tức Tổ Trương Quốc Điển và một đền dựng ở làng Na bên cạnh gọi là đền Trung để thờ đức thánh Trung tức Tổ Trần Văn Định, các triều đại phong kiến Lê, Nguyễn đều sắc phong hai vị Thánh Tổ làm “Dực Bảo Trung Hưng thượng đẳng thần”.
Từ những yếu tố phát triển lịch sử văn hóa nói trên cho thấy khu vực chùa Ân ngoài truyền thống thờ Phật còn phát triển thêm nghi lễ thờ Thần Thành Hoàng tạo nên kiến trúc quần thể Chùa, Đền đặc sắc.
Trong lịch sử xây dựng và tôn tạo, chùa Ân đã trải qua nhiều lần mở rộng và trùng tu, đáng kể tới đó là lần trùng tu vào thế kỉ XVI do ông Huyện thừa họ Bạch thực hiện. Trong lần trùng tu này, ông đã cho mở rộng diện tích quần thể lên 2 ha và xây dựng thêm Đình trong khuôn viên, tạo nên chỉnh thể thống nhất gồm Đình- Đền- Chùa đầy đủ.
Ngôi đình này là nơi giữ mộc triện và được sử dụng làm nơi làm việc của huyện lị Chân Lộc. Hiện này vẫn còn con “Trén” là một kênh đào nhỏ do ông cho dân khơi thông từ Bàu Đồng Nường chảy xuống sông Lam để tiêu thủy và vận chuyển gỗ lim lớn về kiến tạo chùa và đình. Các cụ cao niên kể lại rằng thời gian trùng tu và xây dựng hoàn chỉnh cả khu quần thể trong đợt trùng tu này dài tới mức: “Những người thợ mộc ăn mít nhả hạt ở vườn chùa, tới khi mít thành cây và ra quả mà công trình vẫn chưa hoàn thiện.”
Tác phẩm kiến trúc đình tròn của thợ làng Ân Hậu với cột, xà, cầu phong đều tròn và kiệu Bát cống làng Ân là những tác phẩm văn hóa vật thể độc đáo có một không hai, thể hiện tài năng, tinh hoa của người dân xứ Nghệ. Tới thế kỉ XVIII, dưới sự điều hành của cụ Cử Nguyễn, quần thể di tích này lại được nhân dân tôn tạo một lần nữa tạo nên sự khang trang bề thế, thể hiện đời sống ấm no thịnh vượng của nhân dân địa phương, những điều này đã được ghi lại ở bản Văn Thúc Ước Đình Ân. Cụ Cử cho lập riêng một xóm gọi là xóm Xuân Bình để tập trung các nghệ nhân luyện tập phục vụ các nghi lễ trong các ngày hội lớn của quần thể, đặc biệt là lễ giỗ Tổ kéo dài trong 3 ngày 14, 15, 16 tháng 6 âm lịch. Lễ này được gọi là “Hội lục ngoạt” với sự tham gia của nhân dân trong và ngoài tổng cùng nhiều hoạt động văn hóa văn nghệ như kéo co, đấu vật,….
Quần thể chùa Ân không những chỉ nổi tiếng bởi sự linh thiêng của phép Phật mà còn được người dân ca tụng với những sự tích như việc Đức Thánh Ân gọi mưa cứu hạn cho dân hay truyền thống “thượng đồng giáng thuốc” của đức Thánh Trung.
Trong phong trào kháng chiến chống Pháp, chùa Ân cũng là nơi liên lạc thường xuyên của Chi bộ Cộng Sản Ân Hậu do ông Phạm Duy Thanh- Ủy viên Nông hội Xô Viết làm Bí thư chi bộ. Chùa cũng là nơi che chở cho các Đảng viên Cộng Sản tại xứ Nghệ lui tới liên lạc, họp bàn. Đặc biệt, Đại tướng Võ Nguyên Giáp đã từng lánh tại chùa để hoạt động cách mạng trong phong trào 30-31( Tư liệu do GS. Ninh Viết Giao và ông Lương Minh Dần- Bí thư Huyện ủy Nghi Lộc cung cấp).
Trải qua thời gian dài lịch sử cùng sự tàn phá của chiến tranh, hiện ngôi chùa chỉ còn lại một ngôi Tam Bảo nhỏ làm nơi thờ Phật và hai ngôi mộ của đức Thánh Tổ. Tuy nhiên bởi sự linh thiêng và ấm cúng, do vậy chùa vẫn là nơi tập trung tu tập của nhiều Phật tử trong và ngoài tỉnh, các lễ hội lớn như lễ Khai Xuân và Lễ Vu Lan vẫn được tổ chức thường xuyên, thu hút số lượng đông đảo nhân dân và Phật tử tham gia.